Tuy là một tỉnh của đế chế La Mã nhưng Ai Cập lại nằm dưới sự cai trị của một viên quan thái thú do Hoàng đế bổ nhiệm, thay vì một thống đốc xuất thân từ tầng lớp nguyên lão giống như các tỉnh La Mã khác. Viên quan thái thú này lại được lựa chọn từ tầng lớp Kỵ sĩ của đế chế. Vị thái thú đầu tiên của tỉnh Aegyptus, Gaius Cornelius Gallus, đã đặt vùng đất Thượng Ai Cập dưới sự cai trị của đế chế La Mã bằng vũ lực, và thiết lập nên một hệ thống phòng vệ đối với khu vực biên giới phía Nam, vốn đã bị triều đại Ptolemaios từ bỏ trước đó.

Viên thái thú thứ hai, Aelius Gallus, đã tiến hành một cuộc viễn chinh nhằm vào Arabia Petraea và cả Arabia Felix nhưng cuối cùng thì ông ta lại không thành công. Khu vực duyên hải Biển Đỏ của tỉnh Aegyptus chỉ bị người La Mã xáp nhập dưới triều đại của Claudius. Viên thái thú thứ ba, Gaius Petronius, đã cho khơi thông các kênh đào để phục vụ việc tưới tiêu, thúc đẩy sự phục hồi của nông nghiệp. Petronius thậm chí đã chỉ huy một chiến dịch chống lại vương quốc Kush ở Meroe, bởi vì nữ hoàng Imanarenat của họ trước kia đã từng tấn công tỉnh Ai Cập của La Mã. Tuy nhiên do không thể giành được một thắng lợi hoàn toàn, ông ta đã san phẳng thành phố Napata thành bình địa rồi rút lui về phía bắc.

Từ thời Nero trở đi, Aegyptus đã trải qua một kỷ nguyên thịnh vượng kéo dài suốt một thế kỷ. Tuy nhiên, sau khi Jerusalem bị tàn phá vào năm 70 SCN, Alexandria đã trở thành trung tâm chính về tôn giáo và văn hoá của người Do thái, điều này đã dẫn đến những cuộc xung đột về tôn giáo giữa người Hy Lạp và Do Thái trong thành phố. Dưới thời hoàng đế Traianus một cuộc khởi nghĩa của người Do Thái đã nổ ra, điều này đã khiến cho người Do Thái ở Alexandria bị đàn áp và mất tất cả các đặc quyền của họ, mặc dù sau đó họ sớm quay trở lại. Dưới triều đại của Hadrianus, hoàng đế đã hai lần ghé thăm Aegyptus và thành lập thành phố Antinooppolis để tưởng niệm người tình Antinous của ông. Từ triều đại của Hadrianus trở đi, những công trình xây dựng theo phong cách Hy Lạp-La Mã đã được dựng nên trên khắp tỉnh này.

Dưới triều đại của Marcus Aurelius, gánh nặng về thuế má đã khiến cho người dân Ai Cập bản địa đứng lên khởi nghĩa và khiến cho người La Mã phải mất vài năm để dập tắt. Cuộc chiến tranh đồng quê này đã được một người có tên là Isidorus lãnh đạo và nó đã gây ra thiệt hại lớn cho nền kinh tế cũng như đánh dấu sự suy giảm kinh tế bước đầu của Ai Cập. Avidius Cassius, vị tướng La mã chịu trách nhiệm đàn áp cuộc khởi nghĩa này, sau đó đã tự tuyên bố trở thành hoàng đế vào năm 175, và được các quân đoàn ở Syria và Aegyptus thừa nhận. Tuy nhiên, Avidius nhanh chóng bị lật đổ và sát hại chỉ sau ba tháng.

Năm 212, hoàng đế Caracalla (211-217) đã ra chiếu chỉ ban quyền công dân La Mã cho tất cả cư dân Ai Cập cũng như toàn bộ cư dân của đế chế, nhưng chủ yếu là để đánh thuế nhiều hơn.

Xuyên suốt thế kỷ thứ ba, hàng loạt các các cuộc nổi dậy, của cả quân đội và người dân, liên tiếp nổ ra. Năm 250, dưới triều đại Decius, các tín đồ Kitô giáo một lần nữa bị bức hại, nhưng tôn giáo của họ vẫn tiếp tục được truyền bá rộng rãi. Năm 260, viên thái thú của Aegyptus, Mussius Aemilianus, ban đầu đứng về phe Macriani chống lại hoàng đế Gallienus, rồi sau đó sang năm 261, chính bản thân ông ta cũng tự xưng đế nhưng rồi bị Gallienus đánh bại.

Nữ hoàng Zenobia của Palmyra đã đánh bại người La Mã và chinh phục Aegyptus vào năm 269, sau đó bà còn tuyên bố mình là Nữ hoàng Ai Cập. Vị nữ hoàng chiến binh này còn tuyên bố rằng Ai Cập chính là quê cha đất tổ của bà thông qua dòng dõi của Cleopatra VII. Không những vậy, bà còn được giáo dục và quen thuộc với văn hóa Ai Cập, tôn giáo và ngôn ngữ của nó. Tuy nhiên, hoàng đế La Mã Aurelianus đã đánh bại Zenobia và tái chiếm lại tỉnh Ai Cập vào năm 274.

Tiếp đó, vào năm 297, hai vị tướng Probus và Domitius Domitianus còn tiến hành một cuộc nổi loạn ở Aegyptus và tự xưng là hoàng đế. Phải đến năm sau, năm 298, thì hoàng đế Diocletianus mới chiếm lại được Alexandria từ tay Domitius và tiến hành tái tổ chức lại toàn tỉnh. Và đến năm 303, ông ta lại ban hành một sắc lệnh tiến hành các cuộc bức hại mới nhằm vào các tín đồ Kitô giáo. Tuy nhiên, đây cũng là nỗ lực cuối cùng nhằm để ngăn chặn sự phát triển vững chắc của Cơ đốc giáo ở Ai Cập.